Su trabajo de investigación ha quedado plasmado en las más de 100 publicaciones en revistas y libros internacionales de prestigio, entre las que destacan cinco publicaciones en la revista Nature, tres en Science, cinco en EMBO Journal, una en la serie Annual Review of Plant Physiology y una en la revista Cell, y las más de 150 conferencias internacionales y nacionales dictadas. Dos de sus publicaciones son consideradas como artículos clásicos en el área de la Biotecnología vegetal. La relevancia de su trabajo científico se ve reflejado en más de 2800 citas que han recibido sus publicaciones, así como por premios internacionales y nacionales que le han sido otorgados. Los más importantes son el premio Minuro y Ethel Tsutsui de la Academia de Ciencias de Nueva York, El premio Javed Husain de la UNESCO al mejor científico joven en el área de biología, la Medalla de Oro de la Organización Mundial de la Propiedad Intelectual como uno de los inventores más destacados de México, el Premio de la Academia Mexicana de Ciencias y el Premio Nacional de Ciencias y Artes 2002.

En el ámbito del desarrollo tecnológico ha realizado importantes contribuciones que han sido reconocidas con cuatro patentes internacionales. Sus aportaciones tecnológicas más importantes son: el desarrollo de la tecnología que permite la producción de plantas transgénicas y el desarrollo de plantas transgénicas que requieren menos fertilizantes para su crecimiento óptimo. El Dr. Herrera fue líder del grupo que produjo las primeras plantas transgénicas en el mundo.

Es Presidente de la Sociedad Internacional de Biología Molecular de Plantas, miembro del Consejo Asesor del Programa de Biotecnología de la UNESCO, del Programa de Biotecnología para América Latina de la Universidad de las Naciones Unidas y del Instituto de Investigación Donaid Danford. El Dr. Herrera es uno de los 30 investigadores latinoamericanos cuyos programas de investigación son financiados por el Instituto Médico Howard Hughes y fue elegido en abril de 2003, Miembro Extranjero de la Academia de Ciencias de los Estados Unidos por sus sobresalientes y continuas contribuciones al desarrollo científico mundial. Ha dirigido el trabajo experimental de siete tesistas de licenciatura, cinco maestros en ciencias y 16 doctores en ciencias. Actualmente, el Dr. Herrera es el Director del CINVESTAV-Irapuato.